Pada awal perannya sebagai aktivis di kampus, Muhajir bergerak sebagai organisator komunitas selama empat tahun. Ia bertugas melakukan proses pemberdayaan organisasi, dan ekonomi di kalangan tenaga medis di kawasan Cilacap, Jawa Tengah.
Kiprahnya dalam organisasi lantas membawa Muhajir duduk sebagai tenaga medis di Instalasi Bedah Sentral Rumah Sakit Islam, Cilacap sejak 1995 hingga 2004.
Pengurus Empat Yayasan, Nama Muhajir kemudian mulai dikenal secara luas kala menduduki jabatan Sekretaris Yayasan Rumah Sakit Islam saat terbentuknya pada 2009. Di tahun yang sama, juga menduduki kepegurusan pada empat yayasan sekaligus diantaranya Yayasan Islamic Center, Yayasan Pengajaran Islam, Yayasan Rumah Sakit, Yayasan Klinik Kesehatan.
Sejak awal memang memiliki sifat kepemimpinan, maka pada 2010 hingga 2014 Muhajir mengabdi pada dunia pendidikan sebagai dosen pada STIKES Poguwarmas, Cilacap, Jawa Tengah. Mengajarkan startegi dan manajemen untuk berwirausaha. Hingga melanjutkan Studi S2 di Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto, program studi Manajemen Rumah Sakit.
