Sebelum berkarir di bidang hukum, Binsar Gultom pernah menuntut pendidikan S1 jurusan Hukum Pidana di Universitas Atmajaya Yogyakarta, dan lulus tahun 1985. Dia meneruskan pendidikannya di jurusan Manajemen STIE Jagakarsa, Jakarta Selatan dan lulus pada tahun 1994. Kemudian melanjutkan studi S2 Sekolah Tinggi Ilmu Hukum IBLAM Jakarta jurusan Business Law dan dinyatakan lulus pada 2003.
Binsar juga berhasil menyelesaikan studi S3 Doktor Pascasarjana Ilmu Hukum Universitas Sumatera Utara (USU) pada tahun 2010 di bidang HAM dengan judul disertasi, Pelanggaran HAM Dalam Hukum Keadaan Darurat di Indonesia, studi kasus Pelanggaran HAM Berat Timor Timur 1999, dengan promotor Jimly Asshiddiqie, dengan co-Promotor Hikmahanto Juwana dan E Lotulung.
Memulai karier sebagai PNS Direktorat Pidana MA pada tahun 1984, Binsar kemudian diutus menjadi calon Hakim di PN Bogor pada 1992. Selanjutnya pada 1996 dimandatkan oleh Presiden RI sebagai Hakim Pratama Muda, dengan penempatan di PN Manatuto, Timor Timur Tahun 1995. Dan sempat dimutasi Hakim di PN Dili, Ibu kota Timor Timur 1998.
Bersama keluarganya Binsar eksodus ke Jakarta setelah Timor Leste dinyatakan terpisah dari Indonesia dan ditempatkan menjadi hakim di PN Purwakarta 1999. Kemudian menjadi Hakim di PN Bogor pada akhir 1999 dan ditunjuk menjadi salah satu Hakim HAM pada kasus pelanggaran HAM berat Timor Timur dan Tanjung Priok.
Binsar kemudian mendapatkan promosi sebagai Hakim PN Medan 2004 dan masih tetap bertugas bolak-balik ke Pengadilan HAM adhoc di Jakpus untuk mengadili kasus pelanggaran HAM berat Tanjung Priok hingga tahun 2005.
Kemudian Binsar dipromosikan menjadi Wakil Ketua dan Ketua PN Simalungun 2006 sampai 2009. Lalu pindah ke PN Bengkulu 2010, dan PN Palembang 2014.
