Dalam melaksanakan tugas tersebut, Badan Pengarah Papua menyelenggarakan fungsi:
a. pemberian arah kebijakan umum pelaksanaan otsus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua;
b. sinkronisasi, harmonisasi, dan koordinasi serta pemberian arahan pembinaan, pengawasan, evaluasi, pelaporan dan pertanggungjawaban terhadap pengelolaan perencanaan, penganggaran, pendanaan, penerimaan, dan penyelenggaraan pemerintahan dalam rangka otsus dan percepatan pembangunan Provinsi Papua yang dilaksanakan oleh kementerian/lembaga dan pemerintah daerah Provinsi Papua;
c. pemberian pertimbangan, arahan, dan rekomendasi penyelesaian permasalahan dan isu strategis pelaksanaan otsus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua;
d. pengendalian penyelenggaraan otsus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua dengan berpedoman pada Rencana Induk Percepatan Pembangunan Papua dan Rencana Aksi Percepatan Pembangunan Papua untuk jangka menengah;
e. penyampaian pelaporan pelaksanaan otsus dan percepatan pembangunan di wilayah Papua kepada Presiden; dan
f. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Presiden.
“Peraturan Presiden ini mulai berlaku pada tanggal diundangkan,” bunyi ketentuan penutup Perpres 121/2022 yang diundangkan oleh Menteri Sekretaris Negara Pratikno pada tanggal 21 Oktober 2022.
