Pada masa pendudukan Jepang, dokter Rubini turut merawat kaum perempuan yang menerima kekerasan seksual dari tentara Jepang. Hal ini semakin membulatkan tekadnya untuk melawan penindasan Jepang.
dr. Rubini mulai mengadakan konsolidasi para aktivis dan sejumlah tokoh pejuang untuk melakukan perlawanan terhadap Jepang yang rencananya dilaksanakan pada Desember 1943. Namun rencana aksi ini diketahui Jepang karena adanya sejumlah orang yang berkhianat sebagai mata-mata Jepang.
Akibatnya dr. Rubini bersama istri dan sejumlah tokoh yang dianggap terlibat rencana aksi tersebut diciduk oleh Jepang dan dibantai secara sadis pada 28 Juni 1944 di daerah Mandor. Peristiwa pembantaian ini dikenal sebagai tragedi mandor.
Untuk menghargai jasa dan dedikasi dr.Rubini kepada bangsa dan negara, maka namanya diabadikan menjadi nama Rumah Sakit Daerah Kabupaten Mempawah Kalimantan Barat. Selain itu nama beliau diabadikan pula menjadi nama jalan di Mempawah, kota Pontianak, dan Kota Bandung.
Apa yang dilakukan oleh Dr. dr. H.R. Soeharto dan dr.Rubini telah melampaui tugas pokoknya sebagai dokter pada waktu itu, karena beliau berdua ikut serta dalam setiap periode sejarah bangsa.
